Heinkel đã thiết kế một máy bay nhỏ, với một thân máy bay thuôn. Động cơ phản lực luồng trục BMW 003 được gắn vỏ bọc và đặt ở trên thân ngay phía sau buồn lái. Cánh đuôi được gắn thêm hai tấm tứ giác, cánh chính được đặt cao, máy bay có ghế phóng cho phi công. Càng bánh có thể thu vào trong thân. Nguyên mẫu bay trong một thời gian ngắn đáng ngạc nhiên: thiết kế được chọn vào 25 tháng 9 và chuyến bay đầu tiên diễn ra vào 6 tháng 12, chỉ sau 90 ngày. Nguyễn mẫu vẫn được chế tạo dù nhà máy ở Wuppertal chuyên sản xuất keo gỗ dán Tego film — được dùng đa số trong các thiết kế hàng không của Đức vào cuối chiến tranh, như vậy có nghĩa là máy bay được làm từ gỗ — đã bị ném bom bởi Không quân Hoàng gia và một sự thay thế khác đã được thực hiện nhanh chóng.

Chuyến bay đầu tiên của He 162 V1, do phi công Flugkapitän Gotthard Peter điều khiển đã khá thành công, nhưng trong khi bay ở tốc độ cao 840 km/h (520 mph), keo dán thay thế có đặc tính axit cao đã không giữ được các bộ phận ở mũi và phi công đã buộc phải tiếp đất. Các vấn đề khác cũng được ghi nhận, đặc biệt là sự bất ổn định khi máy bay liệng và các vấn đề về trượt do thiết kế bánh lái. Chuyến bay thứ hai diễn ra vào ngày 10 tháng 12, vẫn do Peter điều khiển, chuyến bay này có mặt các quan chức quốc xã, keo dán một lần nữa lại gây ra hư hỏng. Keo dán không giữ được khiến cánh nhỏ của máy bay rời ra, làm máy bay quay tròn và đâm xuống đất, giết chết Peter.

Một cuộc điều tra về sự thất bại của chuyến bay đã cho thấy cấu trúc cánh phải được làm lại và một số bộ phận phải thiết kế lại, như các liên kết keo cần thiết cho các bộ phận gỗ trong nhiều trường hợp bị lỗi. Tuy nhiên, tiến độ thử nghiệm chặt chẽ đã buộc phải tiếp tục thử nghiệm trê mẫu thiết kế hiện tại lúc đó. Tốc độ được giới hạn xuống 500 km/h (310 mph) khi nguyên mẫu thứ hai bay vào ngày 22 tháng 12. Lần nay, vấn đề ổn định đã xảy ra nghiêm trọng hơn, và các kỹ sư đã nhanh chóng tìm ra giải pháp khắc phục, bằng cách giảm tiết diện nhị diện. Tuy nhiên, với các máy bay được sản xuất trong vòng hai tuần, không có thời gian để thay đổi thiết kế. Một số thay đổi nhỏ đã được thực hiện thay thế, bao gồm cả việc thêm vật nặng ở mũi máy bay để trọng tâm chuyển về phía trước, từ đó tăng diện tích của cánh đuôi.

Các nguyên mẫu thứ 3 và 4 có tên mã là He 162 M3 và M4, do sử dụng chữ "M" viết tắt của từ "Muster" (kiểu mẫu) thay cho chữ "V" là "Versuchs" (thử nghiệm). M3 và M4 sau khi được gia cố cánh, đã bay vào giữa tháng 1 năm 1945. Các phiên bản này có đầu cánh nhỏ gập xuống làm bằng nhôm, đây là thiết kế của Alexander Lippisch và được người Đức gọi là Lippisch-Ohren ("Lippisch Ears"), nó là một nỗ lực để khắc phục các vấn đề về ổn định thông qua việc giảm tiết diện nhị diện. Cả hai đều được trang bị pháo 30 mm (1.18 in) MK 108 như trong biến thế chống máy bay ném bom He 162 A-1; trong thử nghiệm, độ giật của các khẩu pháo quá nhiều gây ảnh hưởng đến khung máy bay, và các kế hoạch sản xuất máy bay quay sang thiết kế mẫu tiêm kích A-2 với 2 khẩu pháo 20 mm MG 151/20 để thay thế khẩu pháo cũ, trong khi đó vẫn thiết kế lại mẫu cũ để gia cố khung máy bay và đặt tên là A-3. Việc chuyển sang trang bị pháo 20 mm được thực hiện vì các loại vũ khí cỡ nòng nhỏ hơn sẽ mang được nhiều đạn hơn.

He 162 được thiết kế với ý định ban đầu là trang bị cho lực lượng thanh niên Hitler, vì Luftwaffe đã mất quá nhiều phi công. Tuy nhiên, máy bay quá phức tạp đối với bất kỳ một phi công giàu kinh nghiệm nào. Một phiên bản tàu lượn hai chỗ không trang bị động cơ được định danh là He 162S (Schulen), đã được phát triển cho mục đích huấn luyện. Chỉ có một số nhỏ được chế tạo, và thậm chí chỉ vài chiếc được trang bị cho một đơn vị huấn luyện duy nhất để hoạt động (tháng 3 năm 1945) tại căn cứ không quân ở Sagan. Các đơn vị đang trong quá trình hình thành khi chiến tranh kết thúc, đã không có phi công nào được huấn luyện, và người ta nghi ngờ rằng nhiều hơn một hoặc hai chiếc He 162S có thể từng cất cánh.

Các thay đổi khác đã làm tăng trọng lượng máy bay lên 2,000 kg (4,410 lb), nhưng ngay cả ở 2,800 kg (6,170 lb), máy bay vẫn là một trong những máy bay nhanh nhất trên không với vận tốc cực đại đạt 790 km/h ở độ cao trên mực nước biển và 839 km/h trên 6000 mét, nhưng có thể đạt 890 km/h (550 mph) ở độ cao trên mực nước biển và 905 km/h (562 mph) trên 6,000 m (19,690 ft) nếu sử dụng lực đẩy phụ trợ trong thời gian ngắn.[1]

He 162 có các nhà máy chế tạo tại Salzburg, Hinterbrühl và Mittelwerk.